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Chem Windows不但可以画二维分子结构，还提供了模拟三维分子结构的工具。在中文Windows环境可直接输入汉字，所画分子结构式可通过剪贴，放入Word等for Windows软件编辑的文件中，还可利用其提供的程序转换为其它多种图形格式的文件，为其它应用软件调用，如转换为eps文件，可被Word for Dos、Word Perfect for Dos or Wordperfect for Windows调用。
Chem Windows 还附有详细的化学元素周期表，提供了分子结构式的检查、分子量计算和给出分子式formula，打开“other”菜单，选择“check syntax”，如其发现分子式中存在不合规律的结构光标就会出现在有疑问的部位，以便你检查后修改，选择“Calculate Mass”即可给出分子式formula和分子量。
为了提供更多的工具而又保持桌面简洁，chem Windows提供了许多后备的预制分子结构及符号，这些预制分子结构及符号存放在以cw2为扩展名的文件中，我们也可将自己常用的分子结构加入其中，使用时通过File菜单的Load加载，工具栏中就会添加这些预制分子结构及符号，这大大简化了创作步骤。
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